菲律宾交通部表示，由于棉兰老铁路项目与中国融资谈判缺乏进展，菲律宾正在考虑来自世界银行、亚洲开发银行和日本国际协力机构JICA等各种来源的官方发展援助；对此，日本国际协力机构称尚未准备好对菲律宾棉兰老铁路项目融资。JICA驻菲律宾首席代表表示，由于该项目初期由中国提出计划，JICA缺乏总体规划或可行性研究，时机尚未成熟。

今年早些时候，菲律宾交通部宣布尽管缺乏资金，仍将继续开展棉兰老铁路项目的第一阶段工作，并开展一些前期建设活动。棉兰老铁路三期咨询合同已授予德勤印度有限公司和ASA律师事务所联合体；并且菲律宾交通部计划修改初期项目规划，拟采用现代化环保列车而非内燃列车。对此，JICA驻菲律宾首席代表表示，由于全球变暖问题，非电气化铁路很难吸引投资者，JICA期待菲律宾的改变。